心外科成立于2003年，现由朱晓东院士指导，程端教授担任科室主任，是医院重点科室。是国家民政部“明天计划”、自治区儿童先心病资助“春苗工程”、华夏基金“爱佑童心”等多家慈善基金救助心脏病指定治疗单位。科室累积做心脏手术4000余例。拥有一大批来自北京、上海、武汉等地的专家团队。
心外科全天候开展体外循环(Pump)下和非体外循环(0ff Pump)下冠状动脉搭桥手术(CABG)，且应用腔镜下取大隐静脉血管材料，手术创伤小、恢复快。对合并室壁瘤、二尖瓣关闭不全、左室射血分数低下的搭桥手术具有较好疗效。
全天候开展大血管手术，治疗夹层动脉瘤、升主动脉瘤、胸主动脉瘤、腹主动脉瘤等。擅长Bentall术、David术+升主动脉置换+主动脉弓置换+远端支架释放术、胸主动脉置换术、腹主动脉置换术、全主动脉置换术、内外科杂交手术等成功率居全国领先。
对心脏瓣膜疾病的外科手术具有丰富的临床经验，机械瓣膜和生物瓣膜的心脏瓣膜替换术己成为常规手术。近年来我科开展瓣膜成形术：其中二尖瓣成型术、异体牛心包成型主动脉瓣手术、主动脉瓣单瓣叶置换术开创国内瓣膜成形术的先河。为儿童及育龄期妇女带来极大益处，远期效果满意。
开展微创心脏瓣膜置换术、微创先天性心脏病封堵术。微创手术与传统手术方法比较具有创伤小、伤痕小、恢复快、手术时间短、无需体外循环装置等优点，符合美容要求，受到广大患者的欢迎。
先心病方面，无论是简单先心病还是复杂畸形，从术前诊断、外科手术到术后处理都处于先进水平。目前，简单先天性心脏畸形的手术成功率99.8%以上，达到国内先进水平;法洛氏四联症、法洛氏三联症、大动脉转位、单心室、静脉异位引流、右室双出口、心内膜垫缺损，三尖瓣下移畸形等复杂先心病手术成功率逐年提高。婴幼儿先心病(尤其是婴幼儿复杂畸形)手术比例和成功率均逐年提高。小体重及婴幼儿手术数量逐年增加。其中年龄最小的为出生后12天，体重最小为3.5公斤。医院成功开展新生儿大动脉调转手术及心房、动脉双调转术，极大地提高了有关患儿远期效果和生存质量。
在心包疾病，心脏肿瘤，肥厚性心肌病等心脏罕见病也具有丰富经验。
科室医护人员始终以“一切为了患者，为了患者的一切”的服务宗旨，严谨的工作作风，精益求精的精神，人性化的服务方式，为全疆各族人民及周边国家患者带来福音。
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