复旦大学附属眼耳鼻喉科医院由国家一级教授胡懋廉、郭秉宽等创办于1952年，创办时名为上海医学院眼耳鼻喉科医院，2000年复旦大学与上海医科大学合并后更为现名，是国家卫健委所属唯一一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等眼耳鼻喉专科医院。2006年获得第二冠名——上海市五官科医院，亦为上海市红十字冠名医院。
医院设有眼科、耳鼻喉科、放疗科、麻醉科、急诊科、口腔科、眼耳鼻整形外科、护理八个临床科室和放射、病理、药剂、检验、营养五个医技科室。坐落于上海市徐汇区汾阳路83号的汾阳院区占地33亩，实际开放床位374张。2002年，开设宝庆路分部。2017年，位于上海市闵行区江月路2600号的浦江院区开始运行，浦江院区占地100亩，一期开放床位359张，与汾阳院区统一管理，提供同质化服务。医院2018年总门诊量超220万人次，手术量超13万人次，医疗辐射全国各地。医院现有在职员工1240人，其中中国科学院院士1名，入选国家“千人计划”1人，973项目首席科学家1人，长江特聘和讲座教授3人，国家自然科学基金杰出青年项目获得者3人、优青项目获得者2人，入选国家“青年千人计划”2人，国家“万人计划”科技创新领军人才1人，国家卫生计生突出贡献中青年专家2人。具有高级职称医师170人，博士生导师39名，硕士生导师55名。
眼科和耳鼻喉科均为国家重点学科及临床重点专科。在复旦大学医院管理研究所发布的《中国医院专科排行榜》中，耳鼻喉科连续9年蝉联榜首，眼科稳居第三。医院为国家临床药物实验机构，拥有国家卫健委听觉医学重点实验室和近视眼重点实验室，上海市视觉损害与重建重点实验室，建有上海市听觉医学临床中心、上海市眼科临床质量控制中心，是国家卫健委眼科、耳鼻喉科专科医师培训基地，上海市住院医师规范化培训基地。2016年，医院成立眼科、耳鼻喉科两个研究院，整合资源，打造科研基础平台，实现临床科研一体化。2018年，“上海市眼视光学研究中心”在医院成立。
医院承担的各级科研项目逐年增加，其中包括国家重点基础研究（973）项目、国家重大研发计划等。曾获得多项国家发明二等奖和国家科学技术进步二等奖，在国际顶级杂志《Nature》系列发表学术论文多篇。
建院以来医院荣获七届上海市文明单位称号。秉承“精诚、团结、求实、创新”的院训，努力把医院打造成为具有国际影响力、世界一流大学的一流专科医院，业已成为五官科人共同的奋斗目标。
