射精的时候肾疼，考虑是以下两种因素导致的：

第一、肾精不足。肾精不足就会导致射精后腰痛，一般是肾虚引起的，还可能会引起头晕、精液稀薄等现象。

第二、精囊炎症，主要是大量细菌侵入导致的精囊发炎，从而会损伤内部的黏膜，导致射精的时候触碰到受损的黏膜，引起射精疼痛。

检查之后如果肾精不足，可以选择左归丸或者右归丸治疗；如果是精囊炎症，可以选择阿奇霉素进行治疗。