小便时龟头里面刺痛，考虑是以下两种因素导致的：

第一，考虑患者有龟头炎症，因为龟头发炎时会产生很多细菌会刺激到龟头内部，导致内部的粘膜出现红肿、疼痛、损伤，排小便的时候尿液会进一步损伤尿道粘膜产生刺痛感觉。

第二，考虑有尿道炎症感染，尿道和龟头之间是相联系的，特别的近，如果尿道发炎会导致部分的炎性物质侵袭到龟头表面，刺激到龟头局部引起排尿的时候龟头出现疼痛。

所以可以做龟头常规和尿道常规的检查，如果是龟头炎可以用红霉素药物治疗，如果是尿道炎可以用盐酸左氧氟沙星治疗。