南京有多家医院设有专门治疗癫痫病的科室，其中南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院、东部战区总医院（南京大学医学院附属金陵医院）、南京市第一医院等医院在癫痫病的治疗方面具有较高的声誉和专业水平。

1. 南京医科大学第一附属医院：该院的神经内科是国家卫健委临床医师培训基地，江苏省临床重点专科，并设有专门的“癫痫中心”。科室设备先进，功能齐全，医疗技术雄厚，为患者提供高效、精准的诊断及治疗。

2. 南京鼓楼医院：神经内科为国家临床重点专科，江苏省临床重点专科，设有癫痫与发作性疾病亚专业，拥有癫痫诊疗最新的设备和诊断治疗技术，对难治性癫痫的治愈率较高。

3. 东南大学附属中大医院：神经内科是江苏省神经病学研究中心（共建单位），江苏省医学重点学科，江苏省临床重点专科。科室拥有先进的诊治设备，神经系统危急重症救治技术全面，对癫痫等疾病的诊治经验丰富。

4. 东部战区总医院（南京大学医学院附属金陵医院）：神经内科在江苏省内脑血管疾病的治疗方面具有特色，拥有卒中单元、癫痫中心等设施，实行病房与门诊一体化管理，积累了丰富的临床经验。

5. 南京市第一医院：神经内科为南京医科大学硕士学位授予学科、博士学位授予点，是“江苏省脑血管病介入诊疗培训基地”。科室对癫痫患者进行神经心理评估，常规开展多种量表评估，为患者提供更全面精准的诊断。

南京的上述医院在癫痫病的治疗方面均具有丰富的临床经验和先进的医疗设备，能够为患者提供高效、精准的诊断和治疗。患者可根据自身具体情况选择医院就诊。