在衢州，选择治疗甲状腺疾病效果好的医院，需要考虑医院的综合实力、专家团队、医疗设备、患者口碑以及医疗服务等因素。

1.综合实力：包括医院的规模、整体医疗水平、科室设置是否齐全等。像衢州市人民医院，作为一家综合性大型医院，其在医疗资源整合和多学科协作方面具有优势，能够为甲状腺疾病患者提供全面的诊断和治疗方案。

2.专家团队：优秀的专家团队是治疗效果的关键。衢州市中医医院拥有一批经验丰富、专业素养高的甲状腺疾病专家，他们在甲状腺疾病的诊断和治疗方面有着深入的研究和丰富的临床经验。

3.医疗设备：先进的医疗设备有助于提高诊断的准确性和治疗的有效性。衢州市第二人民医院配备了先进的甲状腺功能检测设备、影像学检查设备等，为精准治疗提供了有力支持。

4.患者口碑：患者的评价能反映医院的实际治疗效果和服务质量。通过了解其他患者的就医经历，可以对医院有更直观的认识。

5.医疗服务：良好的医疗服务包括就医环境、医护人员的态度等，能让患者在治疗过程中感受到关怀和支持，有助于提高治疗依从性。

总之，在选择衢州治疗甲状腺疾病的医院时，要综合考虑以上因素。建议患者可以通过咨询医生、病友交流、网络评价等多种途径，选择最适合自己的医院进行治疗。