在衢州，以下几家医院在甲状腺疾病的诊疗方面较为专业：衢州市人民医院、衢州市中医医院、浙江衢化医院、衢州市第二人民医院、衢州市柯城区人民医院等。

1.衢州市人民医院：作为当地的综合性三甲医院，其内分泌科拥有经验丰富的专家团队和先进的诊疗设备。在甲状腺疾病的诊断上，能够开展多种精准的检查项目，如甲状腺功能测定、甲状腺超声、甲状腺细针穿刺细胞学检查等。治疗方面，针对甲亢、甲减、甲状腺结节等常见疾病，制定个性化的治疗方案。

2.衢州市中医医院：中医特色鲜明，在甲状腺疾病的治疗中，采用中西医结合的方法。运用中药调理、针灸等中医疗法，配合现代医学的治疗手段，提高治疗效果，减少副作用。

3.浙江衢化医院：其甲状腺疾病的诊疗水平也较高，医生团队具备扎实的专业知识和丰富的临床经验。能够为患者提供全面的医疗服务，包括手术治疗、药物治疗和术后康复指导。

4.衢州市第二人民医院：在甲状腺疾病的诊治方面不断引进新技术、新方法。注重患者的全程管理，从疾病的诊断、治疗到随访，为患者提供优质的医疗服务。

5.衢州市柯城区人民医院：以患者为中心，致力于为甲状腺疾病患者提供便捷、高效的医疗服务。不断优化诊疗流程，提高医疗质量。

总之，以上医院在甲状腺疾病的诊疗方面各有优势，患者可以根据自身的实际情况和需求选择适合的医院就诊。