先天性不孕症手术怎么做，需要根据具体病因进行判断。常见的有输卵管堵塞、子宫内膜异位症等。

1.输卵管堵塞：如果女性存在输卵管堵塞的情况，则可能会导致精子与卵子无法结合，从而出现不孕的症状。此时患者可以遵医嘱通过宫腔镜下通液术的方式进行治疗，能够促进输卵管通畅，在一定程度上也能够改善症状。

2.子宫内膜异位症：子宫内膜异位症是指子宫内膜组织生长在子宫腔被覆内膜以外部位的疾病，可能与遗传因素、免疫功能异常等原因有关。由于该病会导致卵巢激素分泌紊乱，所以会出现排卵障碍，进而影响受孕。对于病情较轻的患者，可以在医生指导下使用布洛芬缓释胶囊、吲哚美辛片等药物缓解疼痛症状。必要时，也可以及时到正规医院通过腹腔镜手术切除病变部位等方式进行处理。

除此之外，还可能是多囊卵巢综合征、卵巢早衰等因素造成的，建议患者及时就医治疗。