在南京，有多家医院提供HPV筛查服务，并且具有较高的专业水平。以下是一些推荐的医院：

1.南京鼓楼医院：作为一所历史悠久、学科门类齐全的大型研究型综合性三级甲等医院，南京鼓楼医院在HPV病毒的检查与治疗上具有专业优势。其皮肤科和妇科拥有经验丰富的医生团队，能够为患者提供全面、科学的诊疗服务。

2.江苏省人民医院：作为江苏省的医疗龙头单位，江苏省人民医院在HPV相关疾病的治疗方面积累了丰富的经验。医院引进了先进的HPV检测设备和技术，能够确保诊断的准确性和治疗的有效性。

3.南京圣贝医院：作为南京优嘉病毒疣医学研究所附属医院，南京圣贝医院在HPV及尖锐湿疣的治疗上具有较高的专业水平。医院采用获得发明专利的中医组方治疗，为患者提供个性化的治疗方案。

这些医院均具备丰富的临床经验和先进的筛查技术，患者可以根据自己的实际情况和需求，选择合适的医院进行检查。