灰指甲疼痛难忍的治疗方法如下：

1、药物治疗：由于灰指甲是由真菌感染引起的假性真菌病，可采用药物进行对因治疗。

外用药物：如盐酸阿莫罗芬搽剂，对灰指甲治疗有效。

口服药物：常用的有伊曲康唑、特比萘芬，一般疗程需要三个月到半年，治愈率总体比较高。

2、非药物治疗：

激光治疗：由于真菌对热的耐受力较低，可通过激光对局部灰指甲治疗直接杀灭，如果同时用外用药物封包，还能增加药物的渗透性，提高治疗效果。常用的激光治疗有二氧化碳点阵激光治疗、铒激光治疗等。

光动力治疗：可通过氧自由基来杀灭真菌。

手术拔甲：若患者有嵌甲，需通过手术拔甲，并针对嵌甲或甲沟炎进行治疗。