2001年，为配套厦门经济特区建设，着力打造厦门市优势医疗品牌学科，厦门市委市政府会同海外华侨及国际知名学者，成立厦门市心脏中心。
2011年，作为公立医院改革试点，相对独立，成为全国公立医院中首家人事、财务独立运作管理的医学中心。
2014年，市委市政府正式决定中心全面独立，在五缘湾畔建设新址。
2015年，更名为“厦门市心血管病医院”，是目前福建省唯一的公立三级心血管病专科医院。
2016年，正式更名为“厦门大学附属心血管病医院”，“厦门市心脏中心”为第二名称。
2019年上半年，全院将整体搬迁至五缘湾新址，规划床位600张，将建设成为华东地区规模最大的心血管病专科医院。
短短十余年来，医院作为市委市政府全力打造的优质医疗品牌和厦门市重点民生保障项目，以独有的“厦门速度”赢得多方赞誉，业已成为海峡西岸最具影响力的复杂、危重心血管疾病诊治机构，为全省唯一的心血管内科国家临床重点专科，是国家首批心血管病专科医师规范化培训基地、卫生部首批心血管病介入诊疗培训基地、美国心脏学会专业示范中心、国家胸痛中心四家区域认证中心之一、国家博士后科研工作站、省市院士专家工作站，获中国医师奖、福建省科技进步一等奖、厦门市科技重大贡献奖、最有人情味的医院等多项荣誉……
医院力求技术卓越，精于品质提升，成立以来引领区域心血管专业技术创新，先后开展多项填补福建省、厦门市乃至全国、亚太地区空白的新技术、新方法，包括欧洲以外地区首例微创心室折叠减容术、全国首例可吸收支架植入术、福建省首例颈动脉保护伞下支架植入术、福建省首例经导管主动脉瓣置换术（简称TAVI手术）、福建省首例经皮室壁瘤降落伞封堵术、福建省首例瓣膜置换术中房颤微波消融、闽西南首例左心耳封堵术等。
敬畏生命，构筑高效救心网络。2003年医院在福建省率先开通胸痛绿色通道，全天候24小时开展急诊冠状动脉开通的微创介入治疗。2013年成立胸痛中心，启动“全市覆盖区域协同胸痛急救网络”，运行多年来已通过及时介入手术挽救了千余名急性心梗危重患者，服务近万名胸痛患者。全国人大副委员长陈竺肯定该网络为“厦门模式”，其成功运行使厦门成为全国区域协同胸痛急救的典范和样板城市。医院先后通过中国和美国胸痛中心协会的国内、国际双认证，并获批成为全国四家中国胸痛中心区域认证中心之一，承担华东区域胸痛中心建设的培训、推进和认证重任，在心肌梗死急救领域处于国内领先地位，荣获“2016年胸痛中心建设杰出贡献奖”。
科教并举，培养国际化的人才队伍。医院拥有国家博士后科研工作站、厦门大学医学院心血管病研究所、省市院士专家工作站等优势平台，为提升核心学科竞争力提供了强有力的科研支持，2016年，心内科获批厦门市医学领先学科。继获福建省首个心血管病领域的国家自然科学基金面上项目后，于2016年获国家自然科学基金—促进海峡两岸科技合作基金项目资助，实现我省心血管病研究领域在该联合基金重点项目申报上零的突破。多年来医院与德国、美国、意大利、加拿大、澳大利亚、新加坡等地的多家世界顶尖心血管医疗机构建立了技术指导合作关系，每年选派优秀医护人员前往学习交流。同时加大人才培养力度，成为厦门大学医学院模块化教学改革的试点单位，通过筑巢引凤，打造人才沃土，构筑心血管领域人才高地。
注重人文关怀，全力打造有温度的医院。全院推行医学人文建设，通过系列举措，医患关系、护患关系更加和谐，构建起尖端医疗技术与人文关怀并重的优质服务新局面。医院热心公益，十余年爱心接力，积极开辟救助渠道，筹措救助基金，为贫困先心患儿减免医疗费用，为突发心肌梗死贫困患者提供免费医治，使众多濒临绝境的家庭重获新生。
海阔凭鱼跃，天高任鸟飞。展望未来，一所建筑面积8.6万平方米，规划床位600张的新院区正在厦门五缘湾畔崛起，全体“厦心人”将在更广阔的舞台上，齐心协力朝着将医院建成“海西一流、国内先进、与国际接轨”的国家重点大学研究型附属医院拼搏奋进。
