南京有多家在甲状腺疾病治疗方面表现出色的医院，如江苏省人民医院、南京鼓楼医院、东部战区总医院、南京市第一医院、江苏省中医院等。

1. 江苏省人民医院：其内分泌科拥有专业的医疗团队和先进的诊疗设备，在甲状腺疾病的诊断和治疗方面经验丰富。擅长甲状腺功能亢进、甲状腺功能减退、甲状腺结节等常见疾病的诊治。

2. 南京鼓楼医院：甲状腺外科实力强劲，对于甲状腺癌等恶性疾病的手术治疗技术精湛，同时在术后康复和综合管理方面也有完善的体系。

3. 东部战区总医院：具备多学科协作的优势，能够为甲状腺疾病患者提供精准的个体化治疗方案，涵盖药物治疗、手术治疗以及放射性碘治疗等多种手段。

4. 南京市第一医院：在甲状腺疾病的临床研究和新技术应用方面积极探索，为患者提供前沿且有效的治疗方法。

5. 江苏省中医院：发挥中医特色，采用中西医结合的方式治疗甲状腺疾病，在调理患者体质、减轻药物副作用等方面具有独特优势。

总之，以上医院在甲状腺疾病的诊治方面各有专长，患者可以根据自身病情和需求选择适合的医院就诊。